최근 심사평가원이 국회에 제출한 자료에 의하면 약제비용 중 조제료 비율이 2001년 38.36%, 2002년 34.61%로 밝혀졌다. 따라서 약제비 중 국민이 새로 부담하게 된 조제료를 산출해 보면 4조7,997억원에 달한다.또 의약분업 시행의 전제로 1999년 11월 의약품 실거래가제도가 실시됐다. 없어지게 된 약 30%의 병의원 약가마진을 보상한다면서 정부는 의료수가도 인상했다. 이로 인해 병의원 진료비용도 의약분업을 시행하지 않았을 경우보다 1조1,233억원이 늘어난 것을 알 수 있다.
