대웅제약의 신약 파이프라인(후보군)은 합성의약품과 바이오의약품으로 나뉜다. 모두 세계 최초로 개발한 혁신신약 또는 기존 제품의 효능을 뛰어넘는 개량신약이 목표다. 합성의약품에서는 항궤양제, 당뇨병 치료제, 섬유증 치료제, 자가면역질환 치료제 2종, 신경병증통증 치료제 6종을 개발 중이고 바이오의약품은 자회사 한올바이오파마와 함께 안구건조증 치료제와 면역항암제 개발에 나섰다. 한 증권사 연구원은 "대웅제약은 해외 지역별 특화된 연구소 운영과 국내외 연구소 간 협력을 통해 활발한 연구개발(R&D)을 진행하고 있다"며 "자체 보유 파이프라인 투자 확대와 함께 자회사인 한올바이오파마의 해외 기술이전 계약 체결 이슈로 성장세가 지속될 것으로 보인다"고 내다봤다.